장애인보건의료센터는 총 3가지 기관이 서로 연계하여 운영됩니다.
보건복지부 산하의 중앙장애인보건의료센터, 광역시도 산하의 지역장애인보건의료센터, 시군구 산하의 보건소로 운영됩니다.
인천광역시장애인보건의료센터는 보건복지부의 행정,교육지원을 받아 운영되며, 유관기관 및 서비스 연계, 조정, 지원과 검진재활 등 의료서비스, 여성장애인 임신,출산지원, 의료종사자 교육 사업을 수행하고 있습니다. 인천광역시 내 장애인 건강관리 및 의료서비스 제공을 위해 보건소, 권역재활병원, 재활의료기관, 장애인주치의, 장애친화건강검진기관, 장애인구강진료센터의 관리, 교육지원 및 서비스 제공,연계하고 있습니다.